Biyogübre teknik olarak canlı olduğundan, bitki kökleriyle simbiyotik olarak ilişki kurabilmektedir. Dahil olan mikroorganizmalar, karmaşık organik materyalleri kolayca ve güvenle basit bileşiklere dönüştürebilir, böylece bitkiler tarafından kolayca alınabilmektedirler.