Biyogübre teknik olarak canlı olduğundan, bitki kökleriyle simbiyotik olarak ilişki kurabilmektedir. Dahil olan mikroorganizmalar, karmaşık organik materyalleri kolayca ve güvenle basit bileşiklere dönüştürebilir, böylece bitkiler tarafından kolayca alınabilmektedirler. Mikroorganizma fonksiyonu uzun sürelidir ve toprak verimliliğinin artmasına neden olmaktadır. Böylece ürün verimini %20-30 artırmaktadır, kimyasal azot ve fosforun bitki tarafından alımını kolaylaştırarak bitki büyümesini artırmaktadır. Ayrıca toprağın doğal yaşam alanını korumaktadır. Bitkiye faydalı bakteriler büyük ölçüde fito-hormon sentezi, azot fiksasyonu, fosfat çözünürlüğü ve amonyum iyonu üretimi yoluyla bitki büyüme hızını ve biyo-kütlesini artırabilir. Doğrudan patojenlerle etkileşerek ve birçok anti-mikrobiyal molekül üreterek ve/veya kolonize dokular içindeki besinler için rekabet ederek konakçıları engelleyebilir.